Współcześnie do wielu meczetów w Mali doprowadzono elektryczność i zainstalowano w nich urządzenia sanitarne. W wielu wypadkach zniszczono przez to wygląd i strukturalną spójność budynków. Wielki Meczet w Dżenne został wprawdzie wyposażony w system głośników, mieszkańcy miasta jak dotąd skutecznie sprzeciwiają się jednak modernizacji całego budynku. Współcześnie meczet zamknięty jest dla nie-muzułmanów po incydencie ze zorganizowaniem na jego dachu i w pomieszczeniach modlitewnych sesji fotograficznej dla producentów odzieży. Co roku społeczność Dżenne prowadzi prace konserwacyjne meczetu zapobiegające dalszej erozji poprzez pokrywanie ścian zewnętrznych błotem.
Budynek thumb|250px|Palmowe bale stabilizują ściany meczetu i służą jako rusztowanie podczas napraw
Ściany Wielkiego Meczetu zbudowane są z suszonych na słońcu glinianych cegieł, nazywanych ferej. W zależności od wysokości murów grubość ścian waha się od 41 do 61 cm. Wmontowane w mury bale palmowe pomagają uniknąć pęknięć na ścianach spowodowanych częstymi dużymi zmianami temperatury i wilgotności. Bale te wystają z murów i służą za rusztowanie w czasie napraw.