Gliniane ściany chronią wnętrze budynku przed upałem, same jednak rozgrzewają się w ciągu dnia na tyle, że trzymają ciepło także w nocy. Dzięki wystającym ze ścian ceramicznym korytom woda deszczowa nie ścieka po ścianach, co byłoby fatalne w skutkach dla glinianego budynku. Ustawienie ściany modlitewnej Wielkiego Meczetu w Dżenne umożliwia muzułmanom zwrócenie się w czasie modłów na wschód ku Mekce (zob. kibla). Przed ścianą położone jest główne targowisko miasta. Nad nią górują natomiast trzy duże minarety i osiemnaście małych kopuł. Na dach każdego minaretu prowadzą wewnętrzne spiralne schody. Sam dach ma formę stożka, zwieńczonego kształtem strusiego jaja.
Dachem przykryty jest właściwy budynek meczetu, podczas gdy pozostałe części kompleksu mają postać otwartej hali modlitewnej. Dach we wnętrzu budynku podparty jest dziewięćdziesięcioma drewnianymi słupami. Kiedy powietrze wewnątrz meczetu za bardzo się nagrzeje, zdejmowane są ceramiczne cegły zasłaniające otwory wentylacyjne w dachu (jest ich ponad 100). Drugie miejsce modlitw położone jest na dziedzińcu za zadaszoną częścią meczetu. Od północy, południa i zachodu dziedziniec ten otaczają ściany z arkadami, od wschodu znajduje się zadaszony meczet.