Zniszczenie i odbudowa thumb|left|Kościół w 1945 r. W noc poprzedzającą niedzielę palmową z 28 na 29 marca 1942 siły brytyjskie przeprowadziły nalot na lubeckie Stare Miasto. Jedna piąta centrum miasta legła w gruzach, m.in. Kościół Mariacki. Większość bogatego wyposażenia kościoła uległa zniszczeniu. Pożar strawił słynne organy Totentanzorgel, na których z dużym prawdopodobieństwem grywał sam Johann Sebastian Bach.
Spłonęło także wiele wspaniałych dzieł sztuki średniowiecznej: prace Bernta Notkego: monumentalny Taniec Śmierci (w 1701 zastąpiony kopią), Gregorsmesse oraz drewniane rzeźby lektorium; Ołtarz Trójcy Świętej Jacob van Utrechta oraz Wjazd Chrystusa do Jerozolimy Friedricha Overbecka.
Roztrzaskane dzwony w Gedenkkapelle w wieży południowej pozostawiono nienaruszone jako symbol wojennej tragedii. Jeszcze w czasie wojny kościół otrzymał tymczasowe zadaszenie. Odbudowa rozpoczęła się w 1947 i po 12 latach została w dużej mierze ukończona. Nauczeni doświadczeniem wojennych pożarów, inżynierowie pracujący przy odbudowie świątyni zrezygnowali z restauracji drewnianych konstrukcji podtrzymujących dach i zwieńczenia wież.