Okres wylęgania choroby wynosi 5–15 dni a choroba przebiega dwuetapowo: faza pierwsza – dominują niespecyficzne objawy takie jak: gorączka, początkowo poniżej 39°C, w drugim tygodniu w przypadku braku leczenia przekraczająca tę barierę, dreszcze, uczucie zmęczenia i rozbicia, fotofobia – nadwrażliwość na światło, bóle mięśni, krwawienie z nosa, bóle brzucha, nudności lub wymioty, objawy pobudzenia lub splątania, faza druga, w której dominują objawy, takie jak suchy, bolesny kaszel, krwioplucie, ból w klatce piersiowej. Czas trwania choroby wynosi 2-3 tygodnie, zdrowienie może przeciągać się do 6-9 tygodni.
Choroba w 1% przypadków może się zakończyć śmiercią (w epoce przed antybiotykoterapią dochodziła do 20%).
Objawy chorobowe Specyficzne objawy chorobowe, które nasuwają podejrzenie ornitozy to: względna bradykardia, czyli wolna akcja serca w stosunku do podwyższonej temperatury ciała, splenomegalia, hepatomegalia niekiedy z towarzyszącą jej żółtaczką, bóle mięśni, którym towarzyszy zwiększenie ich napięcia, plamy Hordera występujące na skórze twarzy.
Postacie choroby Ornitoza może przebiegać klinicznie jako: zespół rzekomogrypowy bez zapalenia płuc, zapalenie płuc łagodne lub ciężkie, ostra niewydolność oddechowa, sepsa, wstrząs septyczny.