Dobrą passę kontynuował po powrocie do Pucharu Świata, wystartował siedmiokrotnie i za każdym razem zdobywał punkty. Przy tym 1 marca w fińskim Lahti zajął 3. miejsce, dwa dni później w tej samej miejscowości był drugi, a 13 marca w Falun był najlepszy. Dało mu to 10. miejsce w klasyfikacji generalnej.
Najlepsze wyniki osiągnął jednak w sezonie 1996/97. Rywalizację rozpoczął od zajęcia 4. i 10. miejsca w dwóch pierwszych konkursach w Lillehammer. Następne starty miały miejsce w Ruce w dniach 7 i 8 grudnia 1996. Udział w pierwszych zawodach zakończył już na pierwszej serii, zajmując ostatecznie 39. miejsce. Jednak w drugim konkursie zaprezentował się znacznie lepiej, zwyciężając z wyraźną przewagą nad Norwegiem Lasse Ottesenem i Takanobu Okabe z Japonii. W dwunastu kolejnych startach Peterka nie opuszczał czołowej dziesiątki zawodów, z czego dziesięciokrotnie stawał na podium. W czeskim Harrachovie zajął drugie miejsce 14 grudnia, a następnego dnia był najlepszy. Zwyciężył także w klasyfikacji końcowej 45. edycji Turnieju Czterech Skoczni po tym, jak był siódmy w Oberstdorfie, pierwszy w Garmisch-Partenkirchen, drugi w Innsbrucku oraz trzeci w Bischofshofen.