W 1536 roku papież powołał komisję kardynalską, która miała opracować raport na temat nadużyć w Kościele. Komisji tej przewodniczył kardynał Gasparo Contarini (a w jej skład wchodzili m.in. Gianpietro Carafa, Marcello Cervini i Reginald Pole) i gotowy raport na temat nadużyć odczytano papieżowi w dniu 9 marca 1537 roku. Raport ten jest znany jako Consilium de Emendanda Ecclesia; jednak zawarte w nim postulaty nigdy nie weszły w życie. Do umieszczenia pozycji raportu na indeksie ksiąg zakazanych przyczynił się Paweł IV.
W roku 1537 napisał encyklikę Sublimus Dei, w której bronił Indian uznając, że mają duszę.
Kiedy wojna pomiędzy Francją a Niemcami dobiegła końca i 15 września 1544 podpisano pokój w Crépy, papież mógł rozpocząć przygotowania do zwołania soboru. Na prośbę Karola V sobór miał się zebrać w Trydencie 1 listopada 1542. Wkrótce potem sobór został suspendowany i wznowiono go dopiero 5 marca 1545 (otwarty został 13 grudnia 1545). W czasie obrad soboru dyskutowano sprawy związane z reformą Kościoła oraz sprawy doktrynalne (m.in. Biblia, grzech pierworodny i sakramenty). Wkrótce potem, wiosną 1547 – z powodu wybuchu epidemii tyfusu, obrady zostały przeniesione do Bolonii.