Heterodontosauridae obejmują w każdym wypadku pochodzące z Afryki Południowej rodzaje Abrictosaurus, Lycorhinus i Heterodontosaurus. Gdy Richard Thulborn przypisał wszystkie trzy rodzajowi Lycorhinus – żaden inny badacz nie wsparł takiej interpretacji. W obrębie rodziny Heterodontosaurus i Lycorhinus uznawane są za taksony siostrzane, Abrictosaurus zaś jest jej bazalnym przedstawicielem. Geranosaurus, także należący do Heterodontosauridae, uznawany jest zwykle za nomen dubium, ponieważ znalezisku typowemu brakuje wszystkich zębów, co czyni go nieodróżnialnym od każdego z innych rodzajów tej rodziny. Kilka nowszych badań przypisało do rodziny także echinodona, jednak niektóre nie wspierały tej teorii. Nazwa Lanasaurus, stworzona w 1975 dla szczęki, okazała się być młodszym synonimem dla Lycorhinus, jako że szczątki należały do tego właśnie rodzaju, co wykazały nowsze badania. Dianchungosaurus, kiedyś uznany za heterodontozauryda z Azji, okazał się być chimerą pozostałości prozauropoda i przedstawiciela grupy Mesoeucrocodylia.