W średniowieczu wraz z okolicami podlegało świeckiej władzy swoich biskupów, noszących tytuł patriarchów i podlegających zwierzchnictwu cesarzy rzymsko-niemieckich. W 1450 Akwileja została podporządkowana Republice Weneckiej i dzieliła jej dalsze dzieje.

W 1751 patriarchat Akwilei został zniesiony.

Zabytki i miejsca warte zobaczenia katedra z początku XI wieku, zbudowana na fundamentach jeszcze starszej świątyni po której zachowała się na podłodze pochodząca z IV wieku mozaika o powierzchni 760 m² (największa zachowana mozaika wczesnochrześcijańska). Na mozaice znajdują się przedstawienia postaci ludzi, zwierząt i roślin ujętych w geometryczne wzory. W apsydzie natomiast zachowały się fragmenty fresków z XI wieku. Obok kościoła zachowała się dzwonnica, z której roztacza się widok na miasto; ruiny rzymskiego portu rzecznego do których, od katedry, prowadzi obsadzona cyprysami Via Sacra; Muzeum Wczesnego Chrześcijaństwa (Museo Paleocristiano), położone na północnym wschodzie od ruin portu rzecznego.