W 1598 Reni był już malarzem samodzielnym i namalował Madonnę Tronującą ze świętymi, która dzisiaj znajduje się w Pinacoteca Nazionale w Bolonii. Obraz zamówiono dla kościoła św. Bernarda. Reni wygrał również konkurs, bijąc na głowę swojego nauczyciela Lodovica Carracciego, na projekt fresków dla fasady Palazzo del Reggimento, które miasto zamówiło z okazji wizyty papieża Klemensa VIII. Freski przedstawiały postacie alegoryczne.
W tym okresie artysta namalował m.in. Madonnę z Dzieciątkiem, Św. Dominika oraz Tajemnice Różańcowe dla bazyliki św. Łukasza, Zmartwychwstanie dla kościoła św. Dominika oraz Wniebowzięcie Matki Bożej dla kościoła parafialnego w Pieve di Cento. Dnia 5 grudnia 1599 został powołany do rady cechu malarzy w Bolonii.
W Rzymie Od 1600, a najpewniej od 1601 malarz przebywał w papieskim Rzymie. Dnia 11 października 1601 kardynał Sfrondato zapłacił mu za obraz Męczeństwo św. Cecylii dla bazyliki św. Cecylii na Zatybrzu. Dla tego samego kościoła Reni namalował również Ukoronowanie św. Cecylii i Waleriana. W tym okresie skopiował Św. Cecylię z czterema świętymi Rafaela. Obraz ten znajduje się dzisiaj w rzymskim kościele San Luigi dei Francesi.