W roku 1603 artysta powrócił do Bolonii, by wziąć udział w pogrzebie Agostino Carracciego.
Następnego roku artysta udaje się do Loreto, by omówić kontrakt dotyczący dekoracji sanktuarium Domku loretańskiego. Ostatecznie jednak prace te powierzone zostają Niccolò Pomarancio. W 1605 Reni kończy Ukrzyżowanie św. Piotra dla rzymskiego kościoła San Paolo alle Tre Fontane, który zamówił u niego kardynał Pietro Aldobrandini. Obraz ten znajduje się dzisiaj w Pinakotece Watykańskiej. Według historyka sztuki Carlo Cesare Malvasia obraz miał zamówić Giuseppe Cesari, nazywany Kawalerem z Arpino (wł. Cavalier d’Arpino). Miał on być lepszy niż dzieło Caravaggia z kościoła Santa Maria del Popolo. Celem przedsięwzięcia miało być przytarcie nosa wielkiemu mediolańczykowi. Reni skopiował grę świateł, ale uczynił dzieło mniej dramatycznym. Ukrzyżowanie Guida Reniego jest przykładem wyważonej pracy rzemieślnika. Gesty postaci stały się w tym przypadku powolniejsze i jakby bardziej przemyślane niż u Caravaggia.