Od lipca 1939 roku w kolskim klasztorze pracowali gwardian – o. Wiktoryn Rudolf oraz o. Albin Białogłowski, o. Ludwik Krupa, br. Klemens Kędzior i br. Gabriel Drzystka. 29 sierpnia 1939 roku w kościele klasztornym została odprawiona msza w intencji „pokoju lub zwycięstwa”. Podczas kampanii wrześniowej kolski klasztor prowadził akcję charytatywną oraz udzielał schronienia rannym i uchodźcom. W klasztorze zakwaterowano na krótko m.in. rannych z bombardowania pociągu ewakuacyjnego z Krotoszyna z 2 września 1939 roku.
Od 18 września 1939 roku część klasztoru zajęła niemiecka żandarmeria, później sprowadzono także rodziny żandarmów. Zakonnicy mieszkali w tym czasie razem, a klauzura została zniesiona. Gdy Niemcy ogłosili zwycięstwo w kampanii wrześniowej, klasztor i pobliska fara zostały zmuszone przez okupantów do bicia w dzwony. W grudniu 1939 roku do klasztoru wrócił o. Albin, który we wrześniu przebywał na kuracji w Truskawcu. W styczniu 1940 roku z Koła wyjechał natomiast o. Ludwik, który został profesorem teologii w Kalwarii Zebrzydowskiej. W kwietniu 1940 roku zabroniono bernardynom chodzić w habicie, a msze zezwolono odprawiać tylko raz w tygodniu.