26 sierpnia 1940 roku przygotowujący się do ucieczki zakonnicy zostali aresztowani przez okupantów, a następnie wywiezieni do Oranienburga, a we wrześniu 1941 roku do Dachau. Ojciec Wiktoryn i brat Władysław zmarli w 1942 roku w Dachau, natomiast o. Albin przeżył uwięzienie i po zakończeniu wojny wyemigrował do Stanów Zjednoczonych. Jakiś czas po aresztowaniu zakonników klasztorem zaopiekowała się Prowincja Wniebowzięcia NMP, która przysłała do Koła o. Alojzego Jańskiego. Następnie jego zastępcą został o. Bazyli Aleksa, który przystąpił jednak do kościoła narodowego i jako apostata został usunięty z zakonu. Aleksa przebywał w klasztorze przez kilka miesięcy, dopóki o. Ludwik Krupa nie powiadomił innych o jego usunięciu z zakonu. Ostatecznie Aleksa został usunięty przez okupantów niemieckich za „nieodpowiednie prowadzenie się”, chociaż nosił on podczas okupacji opaskę ze swastyką.