W okresie okupacji niemieckiej na podwórzu klasztoru wybudowano dwa duże baraki, w budynkach gospodarczych trzymano konie i bydło należące do miejscowego landrata Wachta. W klasztornym refektarzu przetrzymywano zatrzymanych w łapankach Polaków, w budynkach klasztoru utworzono także przychodnię, a w samym kościele skład mebli i sprzętu domowego. W jednej z kaplic działał warsztat samochodowy. Na placu pomiędzy klasztorem i dawnym budynkiem liceum wybudowano ocieplany barak mieszkalny, w którym mieściły się biura i gabinety lekarskie, podczas walk o Koło barak był kilkukrotnie podpalany przez Niemców i gaszony przez Polaków, ostatecznie ogień z baraku przeniósł się na budynek kościoła i doprowadził do zniszczenia głównego ołtarza i rzekomo cudownego obrazu Matki Bożej. Interwencja miejscowej ludności pozwoliła powstrzymać pożar.