Podczas walk o Koło w styczniu 1945 roku klasztor i kościół zostały poważnie uszkodzone. Jedna z wież kościoła została zburzona, uszkodzony był również blaszany dach. Większość okien była pozbawiona szyb, a niektóre były wyrwane wraz z framugami, przez jedno z okien do środka kościoła prawdopodobnie wleciał pocisk artyleryjski, który poważnie uszkodził jeden z filarów podtrzymujących chór oraz sklepienie nad nim i prawie doprowadził do jego zawalenia. Budynek klasztoru został po opuszczeniu go przez Niemców ograbiony i zdewastowany przez miejscową ludność.

29 stycznia 1945 roku do Koła przybył nowy gwardian klasztoru – o. Franciszek Salezy Majewski. Następnego dnia odprawił on w zniszczonym kościele mszę dziękczynną w intencji mieszkańców miasta. Mieszkańcy miasta oddawali do klasztoru ukryte w okresie okupacji księgi i przedmioty, udało się także uratować ukryte w wieży monstrancję, relikwiarze i puszki. W czasie okupacji niemieckiej część przedmiotów ukryto również w filarze przy ambonie, zostały one jednak odkryte przez Niemców.