W czerwcu 1950 roku aresztowany został przez władze komunistyczne o. Józef Mrozik, po kilku tygodniach został jednak wypuszczony na wolność. W 1956 roku rozpoczęto generalny remont kościoła i klasztoru. Byli także kapelanami w kolskim szpitalu i przytułku dla starców prowadzonym przez siostry albertynki. Jesienią 1957 roku w Kole odbył się zjazd delegatek wszystkich żeńskich zgromadzeń zakonnych oraz konferencja duchowieństwa diecezji włocławskiej. W maju 1958 roku do kolskiego klasztoru miała zostać przeniesiona 8 klasa Kolegium Serafickiego z Kalwarii Zebrzydowskiej, miesiąc później zdecydowano jednak, że całe kolegium pozostanie w dotychczasowym miejscu.
W 1958 roku przeprowadzono restaurację wnętrza kościoła, remonty wież kościelnych i konserwację dachów. Od 1959 roku podjęto działania zmierzające do renowacji ołtarzy w kościele. Gwardian klasztoru przygotował on wtedy sztukę „Brylantowy krzyż”, którą wystawiano w Kole i okolicznych miejscowościach, a dochód przeznaczono na renowację ołtarzy.
8 lipca 2018 roku w kościele odbyły się uroczystości państwowe upamiętniające 550-lecie polskiego parlamentaryzmu. Sprawowana była Msza św.