Zdjęcia zrobione w tym czasie są cenne, gdyż zostały wtedy wprowadzone przez Siogunat restrykcje dotyczące wjazdu obcokrajowców do kraju. Fotografie Beato są godne uwagi nie tylko ze względu na ich jakość, ale także z powodu rzadkości przedstawień Japonii z czasów epoki Edo
thumb|Japoński samuraj w zbroi, ok. 1860
W Japonii Beato był bardzo aktywny zawodowo. We wrześniu 1864 został oficjalnym fotografem wyprawy wojennej do Shimonoseki. Następnego roku zrobił wiele zdjęć Nagasaki i jego okolic. Od 1866 był często karykaturowany (uprzejmie) w Japan Punch – piśmie stworzonym i redagowanym przez Wirgmana. W październiku 1866 podczas pożaru, który strawił dużą część Jokohamy Beato stracił swoje studio i negatywy. Przez następne dwa lata pracował energicznie, by odtworzyć stracony materiał. Skutkiem tego są dwa albumy fotografii – „Native Types” zawierające 100 portretów i zdjęć rodzajowych, a także „Views of Japan” zawierające 98 krajobrazów i zdjęć miast. Wiele z tych fotografii było ręcznie malowanych, technikę tę stosowano i ulepszano w studiu Beato z dużymi sukcesami, wykorzystując do tego japońskie sztuki malowania akwarelami i za pomocą grawerowanych drewienek, japońskiego odpowiednika drzeworytu. Od 1869 do 1877 Beato, nie pracujący już z Wirgmanem, otworzył własne studio w Jokohamie, nazwane „F.