Znajdujący się przy wejściu głównym do portu gdyńskiego dworzec pełnił rolę macierzystej bazy pasażerskiej floty transatlantyckiej „G-A-L (obsługującej linie nowojorską i południowoamerykańską). Dworzec Morski posiadał również bocznicę kolejową z torami znajdującymi się po obu stronach budynku przeznaczoną dla ruchu emigranckiego i magazyny tranzytowe. W okresie międzywojennym w gmachu dworca odbywały się niedzielne nabożeństwa dla pracowników portu i GUM w Gdyni celebrowane przez kapelana portowego. W przestronnej hali dworca odbywały się także bale sylwestrowe gdyńskich elit, zabawy ludowe, zawody sportowe, wiece i widowiska.
1939–1945 W czasie II wojny światowej dworzec został przystosowany do funkcji biurowych, została zmieniona architektura. W pierwszych dniach po zajęciu Gdyni (14 września 1939) z fasady Dworca strącone zostały symbole narodowe (płaskorzeźby orłów, pamiątkowe tablice), natomiast ze ścian holu głównego usunięto płaskorzeźby prezydenta Mościckiego i marszałka Piłsudskiego. 9 października 1943 roku, w trakcie alianckich bombardowań portu, została zniszczona część hali pasażerskiej – północno-zachodni narożnik i ściana od strony Nabrzeża Francuskiego. Szkody zostały prowizorycznie naprawione.