Z uwagi na zniszczenie fundamentów w części budowli niemożliwe okazało się posadowienie żelbetowych elementów konstrukcji w pierwotnym kształcie i odtworzenie pierwotnej bryły budynku. Do 2013 widoczny był brak górnego, lewego narożnika budynku. Wewnątrz w holu również widać brak galerii po lewej stronie od wejścia oraz asymetrię innych elementów wystroju i konstrukcji budowli.
Po 1945 Po wojnie w gmachu mieściły się m.in. Kapitanat Portu, biura polskich linii transatlantyckich GAL (oba do 1950) oraz urząd pocztowo-telegraficzny. W niedługim czasie Dworzec Morski stał się bezużyteczny, powodem tego była sytuacja polityczna, w wyniku której co miesiąc w morze wychodził pusty transatlantyk MS Batory. Każdemu wypłynięciu pustego statku towarzyszyło tłumne pożegnanie, grała także orkiestra oraz przemawiali oficjele, a na pokład pasażerowie wsiadali dopiero w Kopenhadze oraz Southampton. Zmiana nastąpiła w 1957, po śmierci Stalina. W związku ze wznowieniem ruchu pasażerskiego Zarząd Portu Gdynia był zmuszony przywrócić dawną funkcję Dworca, jednak było to utrudnione ponieważ część pomieszczeń zajmował Urząd Pocztowy nr 5.