Narodowy Fundusz zarządza też środkami unijnymi, dbając o efektywne wykorzystanie środków zagranicznych przeznaczonych na ochronę środowiska, głównie z Funduszu Spójności oraz Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego.
W perspektywie finansowej 2007 – 2013 NFOŚiGW działa jako Instytucja Wdrażająca dla działań w obrębie pięciu osi priorytetowych Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko (priorytety I, II, III, IV i część IX: działania 9.1-9.3).
NFOŚiGW pełni też rolę Krajowej Instytucji Wdrażającej oraz Krajowego Punktu Kontaktowego dla Instrumentu Finansowego LIFE+ oraz Instytucji Wspomagającej przy wdrażaniu działań środowiskowych w ramach dwóch Mechanizmów Finansowych – Norweskiego oraz Europejskiego Obszaru Gospodarczego.
Od 2009 roku NFOŚiGW został ustanowiony Krajowym Operatorem Systemu Zielonych Inwestycji (GIS – ang. Green Investment Scheme) i zarządza środkami zgromadzonymi przez Polskę na tzw. rachunku klimatycznym, na którym gromadzone są środki, które Polska uzyskała ze sprzedaży na rynku międzynarodowym nadwyżek praw do emisji CO2 zgodnie z protokołem z Kioto.