Środki te są wydawane, poprzez system dedykowanych programów finansowych, wyłącznie na przedsięwzięcia mające na celu poprawę efektywności energetycznej i dalszą redukcję emisji gazów cieplarnianych.
Wydatki W latach 1989–2012 Narodowy Fundusz dofinansował przedsięwzięcia ekologiczne kwotą ok. 48 mld złotych (łącznie z dotacjami zagranicznymi w dyspozycji NFOŚiGW). Najwięcej środków przeznaczono w tym czasie na ochronę wód i gospodarkę wodną oraz na ochronę powietrza. Efektem tych działań jest wyraźna poprawa stanu środowiska w Polsce.
W latach 2009–2012 na finansowanie ochrony środowiska i gospodarki wodnej w Polsce NFOŚiGW wypłacił (ze środków własnych oraz powierzonych przez Unię Europejską) ok. 19,6 mld zł.
Beneficjenci i partnerzy Beneficjentami pomocy finansowej oferowanej przez Narodowy Fundusz są jednostki samorządu terytorialnego i ich związki, państwowe jednostki budżetowe, przedsiębiorcy, organizacje pozarządowe, a od 2010 roku również osoby fizyczne i wspólnoty mieszkaniowe.