Ponieważ NFOŚiGW jest instytucją centralną i nie posiada oddziałów regionalnych, niektóre ogólnopolskie programy finansowe adresowane do osób fizycznych muszą być wdrażane we współpracy z instytucjami pośredniczącymi. Takimi partnerami są banki oraz ich związki, jednostki samorządowe lub wojewódzkie fundusze ochrony środowiska i gospodarki wodnej.
NFOŚiGW a WFOŚiGW Z powodu podobnych nazw i obszarów działań, wojewódzkie fundusze ochrony środowiska i gospodarki wodnej są często mylnie traktowane jako oddziały regionalne NFOŚiGW. Tymczasem są to instytucje zupełnie niezależne, podlegające innym organom (WFOŚiGW – zarządom województw, NFOŚiGW – Ministrowi Środowiska) posiadające odrębne plany działań, budżety itd.
NFOŚiGW i fundusze wojewódzkie są dla siebie ważnymi partnerami (działają w oparciu o Ustawę Prawo ochrony środowiska, ale również „Wspólną Strategię działania Narodowego Funduszu i wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej na lata 2013–2016 z perspektywą do 2020 r.”) i na podstawie zawartych umów realizują wiele wspólnych programów np. usuwanie bomb ekologicznych, wyrobów azbestowych, budowa przydomowych oczyszczalni ścieków i podłączeń do sieci kanalizacyjnych, wykorzystanie odnawialnych źródeł energii.