Jednakowoż cały czas obserwuje się nielegalne polowania w celu pozyskania mięsa do konsumpcji, a także różnych narządów wykorzystywanych w medycynie ludowej.
W ostatnich latach rząd japoński podjął kilka inicjatyw mających na celu odbudowę populacji tego gatunku: A. japonicus jest z powodzeniem rozmnażany w Parku Zoologicznym Asa w Hiroszimie od 1979 roku, ponadto ogród ten ratuje osobniki ze zdegradowanych środowisk. Próba odbudowy siedlisk nadających się do rozrodu na rzece Ichi. Konstrukcja ekologicznych tam (zawierających m.in. chropowate powierzchnie umożliwiające salamandrze wspinaczkę), które pozwalają salamandrom dotrzeć w górę rzeki.
Salamandra japońska olbrzymia w japońskiej kulturze i gospodarce A. japonicus jest czasami nielegalnie poławiany i sprzedawany jako lokalny przysmak. Ponadto salamandry te szkodzą rzekomo miejscowym rybakom poprzez przetrzebianie lokalnych populacji ryby aju (jap. ayu アユ). Pojawiają się również doniesienia, że części ciała A. japonicus mogą być używane do wyrobu produktów medycyny ludowej.