Ponadto populacja A. japonicus cechuje się niską różnorodnością genetyczną, spowodowaną m.in. poligynią, późnym osiąganiem dojrzałości płciowej, długim życiem, a także efektem wąskiego gardła w związku z fragmentacją zasięgu występowania oraz wymarciem lokalnym populacji spowodowanych zlodowaceniami w czwartorzędzie. Wykazano również krzyżowanie się z blisko spokrewnioną salamandrą olbrzymią chińską. Przy użyciu genomiki środowiskowej dowiedziono, że ich hybrydy żyły w 9 z 37 zbadanych lokalizacji w rzece Katsua. Prawdopodobnie A. japonicus nie zagraża natomiast pasożytniczy grzyb Batrachochytrium dendrobatidis, który wywołuje skórną chorobę chytridiomikozę dziesiątkującą płazie populacje na całym świecie. Dowiedziono, że niektóre szczepy B. dendrobatidis są endemiczne dla Japonii, przez co A. japonicus zdążył wytworzyć naturalną odporność na infekcję grzybiczą na drodze koewolucji. thumb|Obraz ukiyo-e autorstwa Kuniyoshiego Utagawy (1798–1861) przedstawiający walkę olbrzymiej salamandry z samurajem Gatunek ten znajduje się w załączniku I Konwencji o międzynarodowym handlu dzikimi zwierzętami i roślinami gatunków zagrożonych wyginięciem (CITES), a także ustanowiony został pomnikiem przyrody przez rząd japoński w 1952 roku, dzięki czemu handel nim oraz polowanie w celu zdobycia mięsa są nielegalne.