wcześniej, od 2004 roku uznawano ją za gatunek bliski zagrożenia (NT, ), od 1996 roku za gatunek narażony (VU), a od 1986 roku za gatunek rzadki (R). Obecny status zagrożenia przyjęto na podstawie szacowanego spadku populacji o 30–50% w ciągu ostatnich 90 lat (trzy pokolenia), spowodowanego ciągłą utratą i pogarszaniem się jakości siedlisk w strumieniach i rzekach, a także krzyżowaniem z introdukowanymi salamandrami olbrzymimi chińskimi.
Zasięg występowania jest mocno pofragmentowany. Obszar zajmowany przez gatunek szacuje się na 5140 km². Zagraża mu stawianie tam, jazów, budowanie betonowych umocnień brzegów rzek, rolnictwo i budowa dróg. Wykorzystywanie rzek w celach przemysłowych utrudnia salamandrom dotarcie do odpowiednich siedlisk, np. w celu rozrodu, a także zanieczyszcza wodę, znacząco utrudniając przeprowadzanie wymiany gazowej przez skórę płaza. Salamandrze olbrzymiej japońskiej zagraża również konkurencja ze strony A. davidianus i A. sligoi będących gatunkami inwazyjnymi introdukowanymi do Japonii. thumb|left|Młody mieszaniec A. japonicus i A. davidianus