Pierwszymi oddziałami bojowymi ustaszy były kompanie ustaszy, organizowane już od pierwszych dni istnienia NDH. Początkowo były one nazywane od miejscowości, w których zostały sformowane (np. Zagrebačka satnija). Do początku sierpnia 1941 r. kompanie dostały kolejne numery od 1 do co najmniej 49, zwiększając jednocześnie swoje stany liczebne. Jesienią zostały one połączone w bataliony bojowe ustaszy. Jednakże kilka kompanii pozostało samodzielnymi jednostkami do wiosny 1942 r. (jedna nawet do lipca). Ich zadaniem było zabezpieczanie okolicznych obszarów po ustanowieniu NDH 10 kwietnia, zwalczanie politycznej i uzbrojonej opozycji, eliminowanie wrogów państwa.
Podstawę Sił Zbrojnych Ustaszy stanowiło 39 batalionów bojowych ustaszy, sformowanych do czerwca 1943 r., Brygada Garnizonowa Zagrzebia i 4 bataliony Einsatzstaffel złożone z miejscowych Niemców, które ostatecznie w kwietniu 1943 r. zostały dołączone do 7 Ochotniczej Dywizji Górskiej SS „Prinz Eugen”. Głównodowodzącym Sił Zbrojnych Ustaszy był płk Tomislav Sertić. Spośród trzech batalionów ustaszy sformowano we wrześniu 1941 r. w Sarajewie 1 Pułk Ustaszy, zwany Czarnym Legionem, który wyróżnił się później w ciężkich walkach z serbskimi czetnikami i komunistycznymi partyzantami Josipa Broz Tity we wschodniej Bośni.