Od 1 czerwca do 31 grudnia 1943 r. odbyła się pierwsza reorganizacja Sił Zbrojnych Ustaszy. Spośród batalionów bojowych ustaszy utworzono 6 brygad ustaszy, do których stopniowo napływali nowi rekruci, zwiększając ich liczebność. Jednostki ustaszy przejęły główny ciężar walki z komunistami i czetnikami na terytorium NDH. W okresie od 1 stycznia do 20 listopada 1944 r. doszło do drugiej reorganizacji Sił Zbrojnych Ustaszy. Liczba brygad ustaszy została zwiększona do 18, powstała też Brygada Garnizonowa Ustaszy „Zagrzeb”: 1 Brygada Bojowa Ustaszy (Pale) 2 Brygada Bojowa Ustaszy (Hrvatska Mitrovica-Našice-Donji Miholjac) 3 Brygada Bojowa Ustaszy (Karlovac) 4 Brygada Bojowa Ustaszy (Gospić) 5 Brygada Bojowa Ustaszy (Bugojno-Livno-Koprivnica) 6 Brygada Bojowa Ustaszy (Imotski) 7 Brygada Bojowa Ustaszy (Omiš) 8 Brygada Bojowa Ustaszy (Kostajnica) 9 Brygada Bojowa Ustaszy (Mostar) 10 Brygada Bojowa Ustaszy (Zagrzeb) 11 Brygada Bojowa Ustaszy (Sarajewo) 12 Brygada Bojowa Ustaszy (Tuzla) 13 Brygada Bojowa Ustaszy (Vinkovci) 14 Brygada Bojowa Ustaszy (Nova Gradiška) 15 Brygada Bojowa Ustaszy (Zabok) 16 Brygada Bojowa Ustaszy (Brod na Savi) 17 Brygada Bojowa Ustaszy (Ogulin) 18 Brygada Bojowa Ustaszy (Otočac)