Świat zwierzęcy wysp reprezentuje 30 gatunków ptaków morskich i ssaki płetwonogie. Do gniazdujących na wyspach Kerguelena ptaków należą 4 gatunki pingwinów: pingwin białobrewy, królewski, skalny i złotoczuby, gatunek kaczki: rożeniec krótkosterny (Anas eatoni) oraz endemiczny gatunek kormorana: kormoran kergueleński (Leucocarbo atriceps verrucosus). Ze ssaków na wyspach występują kotik antarktyczny (Arctocephalus gazella), mirunga południowa (Mirounga leonina) i amfitryta lamparcia (Hydrurga leptonyx). U wybrzeży spotkane są walenie, w tym płetwale zwyczajne (Balaenoptera physalus) i kaszaloty spermacetowe (Physeter macrocephalus), a także orki oceaniczne (Orcinus orca) i inne delfinowate.
Występują tu także zwierzęta sprowadzone przez człowieka, m.in. króliki, dzikie koty, owce, a nawet renifery. Jak większość gatunków alochtonicznych (obcych), wyrządzają one duże szkody w środowisku. Koty i szczury pustoszą lęgowiska ptaków morskich, a roślinożercy niszczą rzadką roślinność wysp, przyczyniając się do erozji gleby.