Historia Wyspy odkrył 12 lutego 1772 bretoński żeglarz Yves Joseph de Kerguelen-Trémarec, poszukując legendarnego Lądu Południowego. Po powrocie ogłosił, że udało mu się odkryć poszukiwany ląd, który jest ziemią rozległą, żyzną i o umiarkowanym klimacie, co uczyniło go bohaterem. Jednak druga francuska wyprawa zaprzeczyła jego twierdzeniom. Kerguelena pozbawiono zaszczytów i szlachectwa, zrehabilitowany został dopiero na fali rewolucji francuskiej, jako ofiara obalonego reżimu.
W 1776 do wybrzeża wyspy przybił kapitan James Cook, znajdując tam butelkę z informacją o odkryciu, pozostawioną przez drugą wyprawę Kerguelena. Nazwał on wyspę krajem Kerguelena oraz określił ją mianem krainy beznadziejnej.
Na początku XIX wieku była odwiedzana przez łowców wielorybów, po których na długo pozostały warzelnie tranu. Na przełomie 1874 i 1875 ekspedycje brytyjska, niemiecka i amerykańska obserwowały z Wysp Kerguelena przejście Wenus na tle tarczy Słońca 9 grudnia 1874. W 1901 rząd Australii zamierzał odkupić niezamieszkaną wyspę od Francji. Na początku XX wieku badania naukowe wykazały, że wyspa nadawała się do hodowli owiec.