W 1992 po utworzeniu przez papieża Jana Pawła II diecezji rzeszowskiej został inkardynowany do niej. W roku akademickim 1992/1993 przebywał na stypendium naukowym w Rzymie, gdzie prowadził kwerendę archiwalną do dziejów Kościoła greckokatolickiego w Polsce oraz odbył studia w zakresie nauk Kościołów orientalnych na Papieskim Instytucie Wschodnim. Po powrocie do kraju został starszym asystentem, a następnie adiunktem w Katedrze Historii Kościoła w Czasach Nowożytnych Instytutu Historii Kościoła na Wydziale Teologii Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Równolegle pracował jako wykładowca historii Kościoła w Wyższym Seminarium Duchownym w Rzeszowie. W 1999 Rada Wydziału Teologii KUL nadała mu stopień naukowy doktora habilitowanego nauk teologicznych w zakresie historii o specjalności historia Kościoła na podstawie rozprawy nt. Unicka archidiecezja kijowska w okresie rządów arcybiskupa metropolity Felicjana Filipa Wołodkiewicza 1762-1778.