Bardziej prawdopodobne wydaje się, że poznał książęcą parę podczas przypadkowego zdarzenia we wrześniu 1788 roku: w czasie eskorty książąt Godoy spadł z konia, ale jego szczególna umiejętność okiełznania wierzchowca zwróciła uwagę książąt.
Kiedy książę Karol objął tron w grudniu 1788, Godoy szybko awansował na dworze i w armii. 30 grudnia 1788 otrzymał urząd pałacowego Cadete supernumerario. W maju 1789 awansował na pułkownika. W listopadzie 1789 został kawalerem Orderu św. Jakuba. W lutym 1791 otrzymał urząd mariscal de campo, w marcu – gentilhombre de cámara, a w lipcu został kawalerem Wielkiego Krzyża Orderu Karola III. W niecałe trzy lata osiągnął szczyt kariery wojskowej – 23 maja 1793 został awansowany na kapitana generała.
W 1792 został pierwszym sekretarzem stanu. Wewnątrz kraju kontynuował politykę „światłego absolutyzmu” króla Karola III. Na zewnątrz został zmuszony do wojny z Francją – w 1795 zawarł pokój w Bazylei i odnowił dobre stosunki z Paryżem. Za swoje zasługi otrzymał tytuł „księcia Pokoju”. Popadł w pozorną niełaskę i w 1798 stracił urząd pierwszego sekretarza. Jako faworyt królowej Marii Ludwiki pozostał nadal szarą eminencją polityki hiszpańskiej. W 1797 królowa Maria Ludwika zaaranżowała małżeństwo Godoya ze swoją krewną, spowinowacając go z rodziną królewską.