Paleoekologia thumb|250px|Szkielet rapetozaura Szczątki rapetozaura odkryto w formacji Maevarano. Nie była ona datowana radiometrycznie, ale dowody biostratygraficzne i paleomagnetyzm wskazuje, że pochodzi ona z mastrychtu (ok. 70–65,5 milionów lat temu). Wtedy, podobnie jak dzisiaj Madagaskar, obszar ten był odizolowaną wyspą, znajdującą się o 10–15 stopni szerokości geograficznej bardziej na południe. Rapetozaur zamieszkiwał przybrzeżny teren pocięty dopływami rzek. Dochodziło do okresowych susz, powodujących wysoką śmiertelność zwierząt.
Rapetozaur żył w sąsiedztwie ceratozaurów, takich jak abelizauryd Majungasaurus, noazauryd Masiakasaurus, odżywiający się prawdopodobnie rybami, nadrzewny dromeozauryd Rahonavis, ptaków, np. Vorona, krokodylomorfów: Mahajangasuchus, Simosuchus czy Trematochampsa, nieopisanych dinozaurów ptasiomiednicznych i tytanozaurów. W skałach tej formacji odkryto także szczątki węży, ryb, żółwi i ssaków. Jednym z najbardziej znanych niedinozaurowych kręgowców z tej formacji jest gigantyczna żaba Beelzebufo, mogąca polować na pisklęta rapetozaura i innych dinozaurów.