do 1963 roku film obejrzało 963 tysiące osób, w tym ponad 100 tysięcy widzów w Warszawie. W 2005 roku Matka Joanna od Aniołów ukazała się na płytach DVD nakładem wydawnictwa Best Film, w ramach serii wydawniczej Klasyka Kina Polskiego. Wydanie to obsługiwało dźwięk w technologii Dolby Digital 5.1 i miało format 4:3. 8 marca 2010 roku, w ramach projektu KinoRP, w kinach sieci Multikino i Silver Screen premierę miała odrestaurowana cyfrowo wersja filmu. W 2012 roku odnowiona cyfrowo Matka Joanna od Aniołów ukazała się na płytach DVD w formacie 16:9, nakładem Wydawnictwa Telewizji Kino Polska.
Odbiór
Recenzje w chwili premiery W chwili wejścia na ekrany kin Matka Joanna od Aniołów została bardzo pozytywnie przyjęta przez krytyków. Bolesław Michałek pisał, iż dzieło Konwickiego i Kawalerowicza jest „wspaniałym renesansowym gestem sprzeciwu, który pobudza wyobraźnię, sumienie, intelekt”, natomiast Zygmunt Kałużyński dopatrzył się w nim „krytyki obłąkanego doktrynerstwa, jednej z najbardziej przejmujących w sztuce współczesnej”. Francuski krytyk Georges Sadoul odnalazł w filmie nawiązania do płócien Georges’a de la Tour oraz Caravaggia.