Ernest Callenbach z czasopisma „Film Quarterly” wyrażał zachwyt dziełem Kawalerowicza i Konwickiego:Matka Joanna od Aniołów nie spodoba się tym, którzy uważają swobodny, beznamiętny styl za jedyny właściwy dla filmu; ale spodoba się każdemu, kto ma węższe gusta – z pewnością każdemu, kto lubi formalizm Dreyera, elegancję Eisensteina lub powagę Antonioniego. Tym filmem Kawalerowicz przewyższa Wajdę i staje się jednym z najlepszych reżyserów na świecie.
Kontrowersje polityczne Jak zauważył po latach ksiądz Andrzej Luter, ówczesny materializm reżysera został wykorzystany dla potrzeb walki komunistów z Kościołem katolickim, „stąd ostre ataki niektórych biskupów, a nawet apele do cenzury o zdjęcie filmu z ekranu”. Biuro Episkopatu Polski do Spraw Filmu, Radia, Telewizji i Teatru zaliczyło Matkę Joannę od Aniołów do „filmów niedozwolonych, które wprost lub pośrednio występują przeciwko chrześcijańskim zasadom wiary i obyczajów”. Skandal dyplomatyczny, jaki wywołał film Kawalerowicza, zdaniem reżysera przyczynił się do jego odbioru na Festiwalu Filmowym w Cannes;