W rządzie Blaira W 2001 r. był szefem bardzo udanej kampanii wyborczej, która przyniosła Blairowi reelekcję. Niejako w nagrodę został wiceministrem odpowiedzialnym za sprawy konkurencyjności i handlu elektronicznego, najpierw w resorcie handlu i przemysłu, a potem w urzędzie gabinetu. W czerwcu 2003 r. otrzymał prestiżową, lecz głównie tytularną funkcję Kanclerza Księstwa Lancaster. Nieoficjalnie mówiono, że jego rzeczywistym zajęciem miała być praca nad strategią wyborczą partii. We wrześniu 2004 r. wrócił do zajmowania się kwestiami handlu jako wiceminister w resorcie handlu, a także spraw zagranicznych.

Po wyborach z 2005 r., w których wystartował w okręgu Paisley and Renfrewshire South, został wiceministrem spraw zagranicznych ds. europejskich (w tej roli odwiedzał m.in. Polskę). Choć nie był członkiem gabinetu, otrzymał od premiera przywilej stałego uczestniczenia w jego posiedzeniach. W maju 2006 r. został ministrem transportu i, równocześnie, ministrem ds. Szkocji.