Relacje pomiędzy Mutesą a Obote nie były najlepsze. Mutesa dążył do uznania Bugandy jako oddzielnego królestwa, co Obote zdecydowanie odrzucał. Jednocześnie Obote zraził do siebie innych przywódców plemiennych przez realizacje socjalistycznego programu gospodarczego i osłabiania władzy lokalnych wodzów. Sytuację w kraju skomplikowała nacjonalistyczna postawa Obote, który dążąc do ograniczenia wpływów hinduskiej mniejszości kontrolującej duży sektor gospodarki, doprowadził do znacznego wzrostu cenPhares Mukasa Mutibwa (1992). Uganda since independence: a story of unfulfilled hopes. United Kingdom: C. Hurst & Co. s. 65–70. .. W kwietniu 1966 roku zawiązał spisek z głównodowodzącym armii ugandyjskiej Idi Aminem, na mocy której ten drugi zadeklarował się zmusić Mutesę do ustąpienia. 23 maja tego samego roku oddziały Amina zaatakowały pałac Mutesy. Mutesa uciekł z kraju i formalnie ustąpił ze stanowiska. Po tych wydarzeniach Obote zawiesił konstytucję i ogłosił się prezydentem. Wkrótce w życie weszła nowa konstytucja, która likwidowała federalizm. Siłowe rozprawienie się z Mutesą przyczyniło się do coraz większej niepopularności rządu Obote na południu. Obote zareagował na to zaostrzeniem kursu względem tamtejszej ludności.