Pod koniec lat 60. udało się doświadczyć krótkiego okresu politycznej stabilności i wzrostu gospodarczego. W 1969 roku Obote ogłosił „Kartę zwykłego człowieka”. Karta promowała klasyczne ideały socjalistyczne (w tym własność pracowników nad środkami produkcji). Dokument wyobcował Ugandę wobec mocarstw zachodnich. W tym samym roku utworzono system jednopartyjny. Przywódcy zachodni obawiali się, że Obote pójdzie w ślady innych afrykańskich liderów i utworzy sojusz ze Związkiem Radzieckim. W rzeczywistości obawy Zachodu nie były uwierzytelnione, Uganda bowiem prowadziła politykę niezaangażowania, a o ile jej relacje z ZSRR były pozytywne, to nie było mowy o ściślejszej współpracy między państwami.
Gdy 25 stycznia 1971 roku przebywał na konferencji w Singapurze, w kraju odbył się wojskowy zamach stanu. Wojskowi z Idi Aminem przejęli władzę w kraju, co zmusiło Obote do szukania schronienia w Tanzanii. Dyktatorskie i brutalne rządy Amina przyczyniły się do powszechnej niechęci wobec niego wśród Ugandyjczyków. Obote wielokrotnie potępiał reżim, zyskując przy tym poparcie wielu tysięcy mieszkańców Ugandy. Wielu z nich uciekło przed reżimem do Tanzanii. W 1979 roku wojska Tanzanii wsparły antyrządowych rebeliantów i obaliły Amina drogą zbrojnej interwencji.