Podczas gry gracz może kontrolować sytuację na ekranie mapy – wydaje tam rozkazy przemieszczania się pomiędzy sektorami lub przydziela najemnikom inne zadania (leczenie, naprawa ekwipunku, szkolenie samoobrony, praktyka, nauka) oraz na ekranie taktycznym – wówczas ma on pełną kontrolę nad najemnikami i może wydawać im konkretne polecenia przemieszczania się po sektorze, interakcji z otoczeniem oraz opcjonalnie walki z przeciwnikiem w systemie turowym.
Ekran mapy Na ekranie mapy przedstawiony jest w postaci siatki złożonej z sektorów plan Arulco. Ukazuje on rozmieszczenie miast, rzeźbę terenu oraz miejsca okupowane przez gracza lub wrogaJagged Alliance 2 instrukcja, s. 35.. W tym miejscu gracz planuje podróż swoich najemników oraz kontroluje postęp gry. Możliwa jest na ekranie mapy kompresja czasu bądź jego zatrzymanie. Z ekranu mapy dostępny jest także inwentarz każdego sektora.
Z ekranu mapy gracz może również przejść do okna laptopa – pozwala to mu na odbiór e-maili, wynajmowanie najemników za pośrednictwem dwóch konkurujących ze sobą firm (AIM oraz M.E.R.C.), stworzenie własnego najemnika (poprzez IMP), zakup broni, podpisanie umowy ubezpieczeniowej dla wynajętych najemników oraz na wysyłkę kwiatówJagged Alliance 2 instrukcja, s. 9..