Muzeum borykało się z problemami finansowymi. Subwencje były niewystarczające. Pojawiły się niejasności między Chętnikami a PTK dotyczące spraw majątkowych. Odnalezione w 1987 r. dokumenty Stacji Naukowej i Muzeum Kurpiowskiego z lat 1933–1939 naświetliły przyczyny nieporozumienia. Bardzo trudna sytuacja finansowa muzeum, pokaźne zadłużenie placówki, jak też konflikt z PTK w 1939 r. zadecydowały o podjęciu przez Adama Chętnika decyzji o sprzedaży części zbiorów do Ostrołęki i zdobycia w ten sposób pieniędzy na spłacenie długów. Wybuch wojny uniemożliwił realizację tych planów.
Po 1945 r. We wrześniu 1939 muzeum uległo całkowitemu zniszczeniu. Eksponaty pozostawione na miejscu, jak i te ewakuowane do Łomży, Dębowa i Szczepankowa, zginęły bezpowrotnie. Ocalały jedynie dwa odrzynki drzew bartnych, brama wejściowa od strony rzeki oraz nieliczne żelazne przedmioty. W 1948 r. te eksponaty stały się zaczątkiem stworzonego przez Adama Chętnika Muzeum Północno-Mazowieckiego w Łomży.