Po wybuchu I wojny światowej na terenie imperium osmańskiego rozpoczęły się prześladowania Ormian, oskarżanych o nielojalność. W tej sytuacji, aby uniknąć zaostrzenia napięć, w odpowiedzi na polecenie rządu biskupi zachęcali ludność ormiańską do pomocy w aprowizacji armii. Znalazło to uznanie w oczach sułtana, który w oficjalnym liście wyraził swoją wdzięczność abpowi Maloyanowi i abpowi Tappouniemu (biskupowi Kościoła katolickiego obrządku syryjskiego).
Jednakże rządzący ówcześnie ruch Młodych Turków parł do „ostatecznego rozwiązania kwestii ormiańskiej”. 1 maja 1915 r. arcybiskup Maloyan, w obliczu narastających prześladowań i coraz częstszych rewizji kościołów, w publicznym liście jeszcze raz wyraził swoją lojalność wobec władz, a diecezjan wezwał do wierności Stolicy Apostolskiej oraz trwania w wierze. W maju 1915 r. znane z okrucieństwa specjalne oddziały wojskowe Khamsines, na polecenie szefa policji, rozpoczęły masakrę ludności ormiańskiej. Gdy miejscowi dygnitarze namawiali arcybiskupa, aby ukrył się w górach, on odpowiadał: «Pasterz nie może porzucać swych owiec, by ratować własne życie».