3 czerwca 1915 r. na podstawie fałszywych zeznań oskarżono abp. Maloyana o przemyt broni i kontakty z Rosjanami. Kiedy jednak nie udało się ani udowodnić mu winy, ani zmusić do przejścia na islam, poddano go straszliwym torturom. Otrzymał wówczas rozgrzeszenie od kapłana, który był więziony w sąsiedniej celi. 9 czerwca pożegnał się w więzieniu ze swoją matką. W nocy 10 czerwca razem z grupą 417 więźniów został wywieziony do Diarbérkir, gdzie – jak poinformowano aresztowanych i mieszkańców miasta – mieli oni pracować przy naprawie dróg. 11 czerwca, kiedy dotarli do Ain Omar Agha, wybrano dziesięciu z nich, mówiąc, że będą uwolnieni. Sługa Boży zrozumiał wówczas, że czeka ich śmierć. Otrzymawszy pozwolenie od dowódcy oddziału Mamdouha aby przemówić do swoich wiernych, wezwał ich, by nie lękali się śmierci, a potem konsekrował chleb, udzielił współtowarzyszom generalnej absolucji i odpustu zupełnego oraz rozdał im komunię. Żołnierze Khamsines zamordowali ich wszystkich, a arcybiskupowi dowódca jeszcze raz postawił warunek przyjęcie islamu. Według relacji naocznego świadka śmierci Maloyan miał odpowiedzieć Nie zaprę się mej wiary chrześcijańskiej. Kiedy abp Maloyan odmówił, Mamdouh zastrzelił go ze swojego pistoletu. Umierający arcybiskup zdążył powiedzieć: «Boże mój, zmiłuj się nade mną. W Twoje ręce oddaję ducha mego».