W zamian Kolegium Kardynalskie zatwierdziło go na stanowisku Kapitana Generalnego Kościoła. Jednocześnie jednak kardynałowie jednogłośnie zadecydowali, że konklawe odbędzie się w zamku św. Anioła, a nie, jak nakazywała tradycja, w Watykanie, który znajdował się pod kontrolą Borgii. Decyzję tę powszechnie odebrano jako deklarację braku zaufania do syna Aleksandra VI. Ostatecznie, z końcem sierpnia, przy pomocy ambasadorów Hiszpanii, Francji, cesarza i Wenecji, Święte Kolegium wydało zarządzenie, że wszyscy baronowie, w tym Cezar Borgia, Orsini i Colonna wraz ze swoimi wojskami mają wyjechać z Rzymu i nie powracać do niego aż do wyboru nowego papieża. Również wojska francuskie i hiszpańskie otrzymały zakaz zbliżania się do miasta. Cezar podporządkował się temu bardzo niechętnie i 1 września schronił się w Nepi pod opieką Francuzów, z którymi tego samego dnia zawarł przymierze. Święte Kolegium odzyskało kontrolę nad Watykanem i mogło przystąpić do wyboru papieżaPastor, s. 187-189..