Podczas remontu między innymi wymieniono szyny lekkie na szyny S49.
Od 1989 W 1998 linia 213 została zmodernizowana i zautomatyzowana. Ruch pociągów jest sterowany z Gdyni. Na stacji pozostała tylko obsługa kasy biletowej.
W marcu 2001 dzięki interwencji i dofinansowaniu samorządu województwa pomorskiego linia została uratowana przed likwidacją.
W 2005 do obsługi połączeń lokalnych pomiędzy Gdynią a Helem zaczęto stosować szynobusy i spalinowe zespoły trakcyjne wyprodukowane przez Pesa Bydgoszcz. W 2006 pojazdy te przejęły całość przewozów poza sezonem. W sezonie letnim ze względu na zwiększenie liczby podróżnych stosowane są składy tradycyjne.
11 listopada 2010 Newag Nowy Sącz przekazał dwa dwuczłonowe SZT SA137, do końca roku zostały jeszcze przekazane 3 z 4 kupionych przez województwo pomorskie pojazdów trójczłonowych SA138, a czwarty z nich pojawił się na początku 2011. Pojazdy te zostały kupione ze środków Regionalnego Programu Operacyjnego dla województwa pomorskiego na lata 2007–2013 i przypisane zostały do obsługi połączeń Kościerzyna – Gdynia – Kościerzyna i Gdynia – Hel – Gdynia. Zastąpiły one stosowane dotychczas pojazdy wyprodukowane przez bydgoską Pesę.