Po nadejściu frontu wschodniego z lata 1944 i wkroczeniu Armii Czerwonej, zagrożony aresztowaniem Jan Radożycki został nauczycielem języków łacińskiego i greckiego w gimnazjum w Jarosławiu, podejmując pracę pod fałszywą tożsamością Jan Batożycki. W marcu 1945 przypadkowo spotkał w Rzeszowie Józefa Czuchrę ps. „Orski”, obaj zostali zatrzymani, po czym Czuchra zastrzelony podczas próby ucieczki, a Radożycki aresztowany pod nazwiskiem Batożycki, po czym został zwolniony po trzech miesiącach. Powróciwszy do Warszawy zamieszkał w domu swojego wuja (zmarłego 26 czerwca 1944) przy ulicy Zajęczej 16. Podjął studia filologii angielskiej na Uniwersytecie Warszawskim. Wówczas pojawiła się dla niego oferta wyjazdu na stypendium do USA, jednak władze nie wydały mu zezwolenia. Zaangażował się w stołeczne konspiracyjne struktury Stronnictwa Narodowego, zostając kierownikiem dzielnicy lubelskiej (obejmującej Lublin, Radom, Siedlce) i kierownikiem Wydziału Wychowania w Prezydium Zarządu Głównego SN. Przewoził do Lublina pieniądze przeznaczone dla rodzin działaczy aresztowanych bądź przebywających na emigracji. 16 sierpnia 1947 został ponownie aresztowany przez funkcjonariuszy UB. Osadzony w więzieniu mokotowskim. Podczas śledztwa, które prowadził płk Józef Różański, był torturowany.