16 lutego 1948 wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie został skazany na karę 10 lat pozbawienia wolności, 5 lat pozbawienia praw publicznych i konfiskatę mienia. Karę odbywał początkowo w zakładzie mokotowskim, a później w więzieniu we Wronkach (karę wraz z nim odsiadywali m.in. Mieczysław Przystasz, Jan Łożański), od 1955 w Sosnowcu, gdzie został skierowany do pracy w kopalni w Klimontowie, a po zbuntowaniu się został odesłany do Wronek. W czasie odosobnienia udzielał innym współwięźniom lekcji języka angielskiego. Łącznie przesiedział w więzieniach 9 lat. Wyszedł na wolność w 1956 w wyniku amnestii.
Po odzyskaniu wolności miał trudności z uzyskaniem miejsca pracy. Został pracownikiem Ośrodka Rozpowszechniania Wydawnictw Naukowych (ORWN) Polskiej Akademii Nauk w Dziale Wymiany Zagranicznej. Po kilku latach został pracownikiem biblioteki Instytutu Zoologii PAN. Wsparcia udzielił mu ks. prof. Józef Dąbrowski, kierujący wydaniem Dawnych dziejów Izraela. Jan Radożycki przejął kontynuację przekładu tego dzieła po Zygmuncie Kubiaku. Został tłumaczem dzieł autorów starożytnych (przede wszystkim Józefa Flawiusza) i nowożytnych. Najważniejsze jego przekłady to komplet dzieł Józefa Flawiusza (które opatrzył autorskimi komentarzami): Dawne dzieje Izraela (Antiquitates Judaicae) – wspólnie z Z.