Mazurzy musieli przyjąć luteranizm jako religię państwową władcy. Jednak religijne praktyki katolickie jeszcze długo utrzymywały się na Mazurach, gdzie ze względu na słabe zaludnienie kościoły były stosunkowo nieliczne, a komunikacja w lesistym i podmokłym terenie utrudniona. I tak np. w latach 50. XVI w. władze skierowały do Jańsborka kaznodzieję Marcina Glossę, aby pomógł wytępić w okolicy „papieski zabobon”. Jednak w wielu wsiach mazurskich luteranizm przyjmowano powierzchownie, a obrzędy i praktyki katolickie (w tym kult Marii i świętych) był zwalczany przez pastorów jeszcze w XVII w., a niekiedy nawet w końcu XIX w.
Reformację wprowadzano na zasadzie przyjmowania przez księży katolickich nowego wyznania i przekształcania parafii w ewangelickie. Dopiero po 1555 zgodnie z zasadą cuius regio, eius religio władze przystąpiły do energicznej ewangelizacji Mazur, zakładania nowych szkół ewangelickich i parafii (łączyło się z tym wprowadzanie podatku na utrzymanie kościołów i pastorów oraz szkół parafialnych).