Kolejnym problemem okazały się spory doktrynalne wśród mazurskich protestantów. Do kontestatorów oficjalnej doktryny należeli: m.in. pastorzy Piotr Zenker z Jańsborka i Melchior Kranich z Ełku oraz starosta z Leca, Fryderyk von Heydeck. Dla ich rozstrzygnięcia biskup Speratus zwołał w dniach 8–9 czerwca 1531 synod mazurski w Rastemborku. Synod nie zażegnał sporów, które zakończyły dopiero zgony najważniejszych kontestatorów.
thumb|Kościół w Mrągowie
Ełk – ośrodek mazurskiej reformacji W celu zorganizowania ośrodka oświaty ewangelickiej dla Mazurów, w 1536 książę Albrecht Hohenzollern zaprosił do Ełku polskiego szlachcica Jana z Sącza (później znanego jako Maletius lub Sandecki-Malecki), drukarza i pisarza z Krakowa i darował mu majątek ziemski Regielnica. Wraz z synem Hieronimem Malecki założył tu drukarnię (jako trzecią w Prusach), działającą w latach 1551–1558. W Ełku wydrukowano liczne pisma religijne i dydaktyczne oraz w 1552 polski przekład Nowego Testamentu, autorstwa Maleckiego. Jego syn Hieronim był również wydawcą pism religijnych w języku polskim.