Wraz z założeniem przez księcia Albrechta w 1546 szkoły łacińskiej, Ełk stał się głównym mazurskim ośrodkiem ewangelickiej oświaty. Pierwszym rektorem tej szkoły został Hieronim Malecki. W 1599 szkoła zmieniła nazwę na „Szkołę Książęcą”; uczono w niej przede wszystkim w języku polskim. Ełk pozostał ośrodkiem oświaty polskiej aż do XX w. (m.in. w 1806 powstało tu jedyne na Mazurach polskie seminarium nauczycielskie).
XVI i XVII wiek Od połowy XVI w. luteranizm zaczął docierać do szerszych mas ludności mazurskiej, głównie dzięki zakładaniu nowych parafii oraz rozpowszechnianiu wśród duchowieństwa i wiernych licznych polskojęzycznych publikacji religijnych: tłumaczeń Biblii, postylli, katechizmów i kancjonałów, wydawanych nie tylko w Królewcu, lecz także w nowym mazurskim ośrodku wydawniczym w Ełku. Wykształciła się liczna grupa polskich pastorów (m.in. Stanisław Rybiński i Wawrzyniec Prostka z Margrabowej). Swoją działalnością przyczynili się oni do utworzenia grupy etnicznej Mazurów, odrębnej wyznaniem i obyczajami od ludności sąsiedniej Warmii i Mazowsza.