W całym sezonie 2000/2001 rozegrał 14 ligowych meczów, zdobył swoje drugie mistrzostwo Hiszpanii oraz dotarł do półfinału Ligi Mistrzów. Natomiast w sezonie 2001/2002 zagrał zaledwie 9-krotnie w La Liga (3. miejsce Realu), ale sięgnął po inne trzy trofea – Puchar Mistrzów (wystąpił przez 17 minut wygranego 2:1 finałowego meczu z Bayerem 04 Leverkusen) Superpuchar Europy oraz Puchar Interkontynentalny. W zespole „Królewskich” Flávio spędził także sezon 2002/2003 po raz drugi z Realem zdobywając mistrzostwo kraju (22 mecze).
W 2003 roku z klubu odszedł trener Del Bosque, a Conceição został wypożyczony do niemieckiej Borussii Dortmund, do której ściągnął go Matthias Sammer. Tam także spotkał swoich rodaków – Dedê, Ewerthona, Evanílsona i Márcio Amoroso. W Bundeslidze zadebiutował 2 sierpnia w zremisowanym 2:2 spotkaniu ze FC Schalke 04, będąc jednym z najlepszych zawodników spotkania (w 66. minucie zdobył gola z rzutu wolnego). Z czasem jednak znów odniósł kolejne urazy i w lidze niemieckiej zagrał zaledwie w 14 meczach z Borussią zajmując 6. miejsce.