W 2004 roku Conceição wrócił z wypożyczenia do Madrytu, ale ostatecznie odszedł do tureckiego Galatasaray SK. W stambulskim klubie stał się jednym z czołowych zawodników. W lidze zadebiutował 8 sierpnia w wygranym 3:1 meczu z Konyasporem. W sezonie zdobył 2 bramki – z Gaziantepsporem oraz MKE Ankaragücü, a z Galatasaray zajął 3. lokatę oraz zdobył Puchar Turcji. W kontrakcie istniała jednak klauzula, że Flávio może odejść za 500 tysięcy euro i tyle samo wyłożył grecki Panathinaikos AO. W lidze greckiej oraz Lidze Mistrzów spisywał się jednak słabo i nie spełnił oczekiwań fanów. Z Panathinaikosem zakończył sezon na 3. miejscu. Jego dorobek to 14 meczów i 1 gol. Po sezonie rozwiązał kontrakt z ateńskim zespołem i przez sezon 2006/2007 pozostawał bez przynależności klubowej, aż ostatecznie zakończył piłkarską karierę.