Dopiero w 1885, dzięki wysiłkom ks. Ludwika Dąbrowskiego, powstała w Łodzi druga parafia pw. Podwyższenia Krzyża Świętego. Było to jednak wciąż za mało jak na łódzkie potrzeby. Następnie w 1888 proboszcz ks. Jan Siemiec rozpoczął budowę nowego kościoła parafialnego. Kamień węgielny poświęcił arcybiskup warszawski Teofil Chościak-Popiel. Świątynia jest trójnawowa, murowana, z transeptem i dwiema wieżami w fasadzie, według projektu warszawskiego architekta Konstantego Wojciechowskiego. Konsekracji kościoła dokonał 5 czerwca 1897 biskup warszawski Kazimierz Ruszkiewicz.
Jeszcze w czasie budowy nowej świątyni, dotychczasowy, drewniany kościół przeniesiono na cmentarz grzebalny przy drodze wiodącej do wsi Retkinia (przy obecnej ul. Ogrodowej). Stał się on kościołem filialnym parafii Wniebowzięcia NMP i otrzymał wezwanie św. Józefa Oblubieńca NMP. Nową świątynię oddano do użytku w 1897. Władza carska nakazała, po zakończeniu budowy nowego, stary kościół rozebrać. Jednak dzięki sprytnemu fortelowi, udało się kościół św. Józefa uratować – wysłano do Petersburga list z prośbą o zgodę na umieszczenie w zabytkowym kościele obrazu św. Mikołaja, jako upamiętnienie opieki patrona nad następcą tronu, podczas jego podróży do Japonii.